הרפורמה במס החלה להכיל לראשונה כללים בכל הקשור למיסוי על רווחים מקרנות השתלמות לזאת לרבות כללים לגבי פטור ממס זה. המס על רווחי ההון יבחן אך ורק כאשר כל התנאים שהתמלאו למשיכה מקרן ההשתלמות בוצעו (למשל תום 6 שנות ותק או 3 שנות ותק במקרה של הגעה לגיל הפרישה) ישנם מס' סעיפים עיקריים בכל הנוגע למיסוי קרנות ההשתלמות והם : – משיכת כספים בתום שש שנות ותק פטורים ממס על רווחי ההון בעת המשיכה זאת עבור כספים שהופקדו עד ל 31.12.2002 .

– כספים שהופקדו בכספי קרנות ההשתלמות החל משנת 2003 לגביהם נקבע שהרווח הריאלי יחוייב במס רווחי הון בשיעור של 15% ויבוצע בעת משיכת הכספים.

על רווחים עבור כספים שהופקדו אחרי ה 1.1.2006 מעל לתקרת הפקדה המוטבת יחוייבו במס בשיעור של 20%.